Nördlich vom Stadtkern beginnt die Braker Seehafen-Kaianlage mit großen Getreidesilos, Krananlagen, Lagerhallen und Lagerfreiflächen, die sich über ca. 2 Kilometer weserabwärts erstreckt. Hier legen die großen Seeschiffe an und laden oder löschen ihre Ladung.

Durch eine Schleuse ist der Braker Binnenhafen mit der Weser verbunden. Er kann von Schiffen bis zu 90 m Länge und 5,5 m Tiefgang angelaufen werden. Ein Teil wird als Sportboothafen genutzt.